Des scientifiques suédois de l'Université de technologie Chalmers et de l'Université de Göteborg ont identifié des bactéries avec de nouveaux gènes latents de résistance aux antibiotiques dans de nombreux environnements naturels, y compris les microbiomes humains et animaux. Les résultats de l'étude sont publiés dans la revue Microbiome.

Les chercheurs ont émis l'hypothèse qu'il existe de nombreuses bactéries dans l'environnement avec des gènes qui favorisent la résistance aux antibiotiques chez les micro-organismes, rendant le traitement antibactérien inefficace. La combinaison de ces gènes s'appelle un résistome. Séparément, sont pointés du doigt les gènes dits de résistance latente, absents des bases de données modernes et mal caractérisés, ce qui ne permet pas aux spécialistes d'évaluer correctement les risques de propagation de microorganismes pathogènes résistants aux antibiotiques.

Les scientifiques ont analysé 630 milliards de séquences d'ADN bactérien dans plus de 10 000 échantillons métagénomiques isolés de divers environnements, notamment le microbiome intestinal humain, le microbiome cutané humain, le sol et les usines de traitement des eaux usées.

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Il s'est avéré que les gènes de résistance latente prédominaient dans tous les échantillons. Parmi les gènes les plus courants qui forment un résistome nucléaire, des gènes bien caractérisés et latents ont été identifiés. De plus, certains des gènes latents les plus fréquents ont été trouvés dans plusieurs agents pathogènes, notamment Pseudomonas aeruginosa, Salmonella enterica et Campylobacter spp.

Les chercheurs ont caractérisé plusieurs gènes de résistance latente communs à tous les environnements et présents dans les agents pathogènes humains. Il s'est avéré qu'ils sont situés sur des éléments génétiques mobiles - des séquences d'ADN qui peuvent se déplacer dans le génome bactérien. Ceux-ci incluent des éléments conjugatifs intégratifs capables de se couper des chromosomes et d'entrer dans d'autres bactéries par transfert horizontal.

Les microbiomes des eaux usées ont une résistance étonnamment élevée, ce qui rend cet environnement potentiellement favorable à la propagation des gènes de résistance latente. Il s'agit d'un immense réservoir dans lequel peuvent se développer des agents pathogènes résistants aux antibiotiques.